太祖为了对抗明教的势力，建立了东、西两厂。
大量出身明教的功臣被太祖罢免、下路、流放、斩首。
明教自然也不会束手待毙，开始反抗，几次兵变，其中规模最大的就是大将军胡玉、大理寺卿，内阁大学士蓝惟庸为首的江淮兵变，差点就威胁到了大周，但是最终还是被太祖镇压。
在张三丰为首的道门的支持下，明教在江湖上的势力也不再有优势，对面雄才大略的太祖，势均力敌就意味着失败，明教彻底败了。
道门当时的道尊天人宗北冥子、真武观主张三丰、上一代天师府主张玄陵、全真道祖师王重阳四人亲自出手，击杀了当时的明教教主、左右二使、四方尊主、护教八王、十二元煞等一众高手，让太祖最终将明教在朝中的势力全部清除。
斗争失败的明教从一开始的国教，被打成了魔教。
国教的位置也被道门接替。
受到重创的明教被江湖和朝廷两方夹击，逐渐分崩离析，一分为三。
第一脉为教中宿老，护法，守成派，重回西域光明顶，重新建立了明教总坛，这一脉继承了明教最大的力量。
第二脉为教中青年骨干，革新派，他们不安于西域一隅，想在中原站稳脚跟，便在黑木崖上建立了日月神教。
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